Научно-координационный совет (НКС) научно-технической программы Союзного государства «СКИФ-НЕДРА» является консультативным органом, в состав которого входят как представители Российской Федерации, так и представители республики Беларусь. НКС был создан в соответствии с разделами 6 и 7 Программы «СКИФ-НЕДРА», утвержденной постановлением Совета Министров Союзного государства от 21 октября 2014 года. Основная роль НКС заключается в том, чтобы на основании собственных решений давать предложения и рекомендации государственным Заказчикам программ.
НКС научно-технической программы Cоюзного государства «СКИФ-НЕДРА» состоит из двух секций НКС (российской и белорусской) и руководящего органа — бюро НКС. Состав секций НКС формируется и утверждается Министерством образования и науки Российской Федерации (государственный заказчик от Российской Федерации) и Национальной академией наук Беларуси (государственный заказчик от Республики Беларусь) с включением в их состав представителей Минобрнауки России, НАН Беларуси, заинтересованных федеральных органов исполнительной власти, профильных объединений потребителей результатов НИОКР, организаций-исполнителей мероприятий и заданий Программы, а также ведущих экспертов по мероприятиям Программы. Состав бюро НКС состоит из девяти членов и формируется на паритетной основе по четыре представителя из членов секций НКС с белорусской и российской стороны по предложениям государственных заказчиков, а также с участием представителя Постоянного комитета Союзного Государства и утверждается государственным заказчиком-координатором.
Бюро НКС объединяет и координирует работу секций Совета. В частности, оно рассматривает вопросы, относящиеся к двухстороннему взаимодействию участников Программы, разрабатывает общие предложения и рекомендации государственным заказчикам по проведению работ по мероприятиям Программы и, при необходимости, их корректировке. Кроме того, Бюро рассматривает результаты выполненных работ по итогам года (годовые отчеты) и дает предложения и рекомендации государственным заказчикам по приемке и утверждению указанных отчетов, объединяет предложения секций НКС и принимает по ним соответствующие решения. В целом, основная функция Бюро заключается в том, чтобы полномочно решать все вопросы, относящиеся к компетенции НКС. Председателем бюро НКС является руководитель российской секции НКС, заместителем председателя бюро НКС — руководитель белорусской секции НКС. Заседания бюро НКС проходят в Москве и в Минске по мере необходимости, но не реже двух раз в год.
Секции Научно-Координационного Совета выполняют одновременно несколько функций. В рамках секций разрабатываются предложения и рекомендации государственному заказчику от Российской Федерации и государственному заказчику от Республики Беларусь по проведению работ по мероприятиям Программы и, при необходимости, их корректировке. Рассматриваются и оцениваются содержание, порядок и условия выполнения мероприятий и заданий, передаваемых исполнителям Программы в Республике Беларусь и Российской Федерации. На основе рассмотренных материалов идет подготовка рекомендаций государственным заказчикам по эффективному выполнению мероприятий и заданий Программы, предлагаемых для реализации в очередном финансовом году, в том числе по выбору соисполнителей и распределения работ между ними. Во время проведения секций выявляются научные, технические и организационные проблемы в ходе реализации Программы и вырабатываются рекомендации по их устранению. Для проведения научно-технической экспертизы к работе НКС Программы могут привлекаться научные и другие организации, ученые и специалисты в соответствующих областях. Техническое обеспечение деятельности НКС Программы осуществляет Департамент науки и технологий Минобрнауки России и представители Республики Беларусь, отвечающие за реализацию программных мероприятий.